Andrew Simpson, coordenador de DNA, e João Carlos Setúbal, coordenador de bioinformática, contam em vídeo a saga do sequenciamento do primeiro fitopatógeno (imagem: reprodução)

Publicado em 13/10/2022

Agência FAPESP – O britânico Andrew Simpson era chefe do Laboratório de Genética no Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, em São Paulo, quando foi convidado a assumir a posição de coordenador de DNA no sequenciamento do genoma da Xylella fastidiosa, o primeiro empreendimento do projeto Genoma FAPESP, em 1997.

Seu laboratório, instalado no A.C. Camargo Cancer Center, em São Paulo, ficou responsável por produzir fragmentos de genoma do fitopatógeno que seriam sequenciados por um pool de outros 33 laboratórios espalhados por todo o Estado de São Paulo.

Sequenciados, esses fragmentos eram enviados para o Centro de Bioinformática, instalado na Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), coordenado por João Carlos Setúbal, um jovem professor da área de ciência da computação, e João Meidanis, onde foi realizada a montagem final e anotação dos 2.900 genes da X. fastidiosa.

Simpson e Setúbal relembraram os grandes desafios do projeto em dois vídeos publicados no site do Genome Workshop 20+2, evento que será realizado nos dias 21 e 22 de novembro em comemoração aos 22 anos da conclusão do sequenciamento da bactéria Xylella fastidiosa, agente etiológico da clorose variegada dos citros (CVC), que na época causava grandes prejuízos aos citricultores paulistas.

No vídeo – que contou com a participação de Anamaria Aranha Camargo, membro da Coordenação Adjunta – Ciências da Vida na FAPESP –, Simpson destaca que a ideia de realizar o sequenciamento de forma colaborativa, no âmbito de uma rede de laboratórios, foi um dos grandes diferenciais do projeto. “Na mesma época, a China anunciou que ia sequenciar um genoma e começou a discutir a construção de um instituto para dar início à empreitada. Quando publicamos o artigo [13 de julho de 2000, na Nature], eles ainda estavam construindo o instituto”, ele diz.

Ele lembra também que, concluído o projeto da X. fastidiosa, teve início imediatamente o projeto Genoma Câncer, realizado em parceria pela FAPESP e o Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer. “O A.C.Camargo já tinha um banco de tumores que possibilitou a geração de um banco de DNA para sequenciamento”, ele diz. Com isso, foi possível produzir conhecimento sobre tumores muito frequentes no Brasil, como os de cabeça e pescoço.

'A hora mais emocionante'

“Na época a internet no Brasil ainda estava em seus primórdios”, lembra Setúbal. Por isso, foi preciso montar um site que permitisse a cada um dos 33 laboratórios enviar ao Centro de Bioinformática um certo número de fragmentos para a montagem final do genoma da Xylella. “Medíamos a evolução do projeto pelo número de buracos no genoma. Num certo momento, tínhamos 200 buracos; depois 80, 20 buracos. Até que sobrou um buraco só que, quando fechamos, foi um evento importante.”

A Setúbal, autor correspondente do artigo The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa, coube conduzir o processo de submissão à Nature. “Nosso diferencial era ter sequenciado e anotado o genoma de um patógeno de planta. Isso foi um trunfo.” Em um mês veio a resposta formal de aceitação. “Para mim foi a hora mais emocionante de todo o projeto. O Simpson foi o primeiro a saber. E aí foi uma grande festa.”

No endereço 60anos.fapesp.br/genomeworkshop/videos já estão disponíveis as entrevistas em vídeo com José Fernando Perez, diretor-científico da FAPESP à época do lançamento do Projeto Genoma, e Fernando Reinach, então membro da Coordenação de Área – Biologia da Fundação.

Fonte: https://agencia.fapesp.br/39808